I den første PCR-syklusen deles det umerkede DNA-molekylet i to tråder, og hver tråd får syntetisert en ny, merket komplementærtråd. Etter første syklus har vi dermed to fragmenter med én merket og én umerket tråd. I andre syklus brukes alle fire trådene (to opprinnelig umerkede og to nylagde merkede) som mal, og alle nysyntetiserte tråder er merket. De to opprinnelig umerkede trådene gir da igjen ett fragment hver med én merket og én umerket tråd, mens de to merkede trådene fra første syklus gir fragmenter der begge trådene er merket. Etter to sykluser har vi altså to fragmenter med én tråd merket og to fragmenter med begge trådene merket, og ingen helt umerkede fragmenter. Dette stemmer med figur C.