Villaksen står på fjerde trofiske nivå: planteplankton → dyreplankton → små fisker → villaks. Ved hvert trofisk nivå går mesteparten av energien tapt som varme i celleåndingen. Bare en liten del blir bygget inn i biomassen på neste nivå.

Fordel 1: bedre utnyttelse av energien. Plantene i pellets er produsenter. Når laksen spiser plantefôr, står den på andre trofiske nivå, slik figuren for oppdrettslaks viser. Den marine delen av fôret (fiskemel og fiskeolje) kommer fra fisk høyere oppe i næringskjeden, der mye energi allerede er tapt. Med mer planter i fôret blir en større del av energien fra produsentene til laks. Det trengs altså færre produsenter (mindre primærproduksjon) per kilo laks.

Fordel 2: mer bærekraftig. Fiskemel og fiskeolje lages av villfisk. Mindre marine råvarer gir mindre fiske på disse bestandene. Fisken blir da igjen som mat for andre arter i havet, som sjøfugl, sjøpattedyr og villaks, eller den kan brukes som mat til mennesker.

Resistens utvikles ved naturlig seleksjon.

I en stor populasjon av lakselus er det genetisk variasjon. Nye alleler oppstår ved tilfeldige mutasjoner. Noen få lus kan tilfeldigvis ha et allel som gjør dem mindre følsomme for midlet. Et slikt allel kan for eksempel gi et enzym som bryter ned stoffet, eller endre proteinet som stoffet virker på. Mutasjonen skjer uavhengig av midlet.

Når merdene behandles, dør de fleste følsomme lusene. Lus med resistensallelet overlever oftere og får flere avkom. De gir allelet videre. Allelfrekvensen for resistens øker derfor for hver generasjon.

Lakselus har kort generasjonstid og mange avkom. Brukes de samme midlene gang på gang, kan populasjonen derfor bli resistent i løpet av få år. Da virker midlene dårlig.

Villaksen i hver elv er genetisk tilpasset forholdene der gjennom mange generasjoner. Tilpasningene gjelder for eksempel tidspunkt for gyting og vandring, vekst og evnen til å finne tilbake til elva.

Oppdrettslaksen er avlet fram for rask vekst i merd, med fôr og uten rovdyr. Den har mindre genetisk variasjon og andre egenskaper enn villaksen. Egenskaper som er en fordel i merden, kan være en ulempe i naturen.

Når rømt oppdrettslaks formerer seg med villaks, får avkommet gener fra oppdrettslaksen. Avkommet blir dårligere tilpasset livet i elva og havet. Færre overlever og kommer tilbake for å gyte. Over tid blandes genene inn i villaksbestanden (genetisk innblanding). Da mister bestanden sine lokale tilpasninger og noe av den genetiske variasjonen. Den blir også dårligere rustet mot miljøendringer.

Rømt oppdrettslaks konkurrerer i tillegg med villaksen om gyteplasser og mat. Begge deler kan gi nedgang i villaksbestandene.

Nitrogen og fosfor er ofte begrensende faktorer for veksten til planteplankton og alger. Mer næringssalter gir derfor raskere populasjonsvekst hos produsentene. Det kalles overgjødsling (eutrofiering).

Hurtigvoksende arter, som enkelte planteplankton og trådalger, øker mest. De utkonkurrerer andre arter som vokser saktere. Et tykt lag av alger i vannet skygger for tang, tare og sjøgress på bunnen. De får for lite lys og kan dø.

Når algene dør, synker de. Nedbryterne bruker mye oksygen når de bryter ned det døde materialet. Det kan gi oksygenmangel ved bunnen. Bunndyr og fisk som trenger mye oksygen, dør eller flytter. Noen få arter som tåler lite oksygen, øker.

Endringene hos produsentene gir også endringer hos konsumentene som spiser dem. Resultatet er at noen få arter dominerer. Artsmangfoldet går ned.