Flaskehalseffekten oppstår når en stor del av populasjonen dør eller forsvinner brått, slik at bare et lite og tilfeldig utvalg av genvarianter overlever – dette gir mindre genetisk variasjon i populasjonen som er igjen. Genflyt er derimot innvandring av individer, og dermed alleler, fra andre populasjoner, noe som tilfører nye genvarianter og øker den genetiske variasjonen. Flaskehalseffekt gir altså mindre variasjon, og genflyt gir større variasjon.