DNA-et fra hvert individ klippes først opp i fragmenter med restriksjonsenzymer, eventuelt kopieres bestemte områder opp med PCR. Gelen er en plate av agarose som ligger i et kar med bufferløsning. I den ene enden av gelen er det brønner. Prøven fra hvert individ settes i hver sin brønn, slik at hvert individ får sin egen kolonne i gelen.

Karet kobles til en likespenningskilde med minuspolen ved brønnene og plusspolen i motsatt ende. DNA er negativt ladd på grunn av fosfatgruppene, og fragmentene vandrer derfor mot plusspolen. Gelen virker som en sil: korte fragmenter kommer lettest gjennom nettverket og vandrer lengst, mens lange fragmenter bremses og blir liggende nær brønnene. Etter en stund slås spenningen av, og fragmentene ligger sortert etter lengde som bånd. Båndene gjøres synlige ved å farge gelen eller ved å bruke et fluorescerende stoff og lyse på gelen med UV-lys.

Individ B har fått halvparten av båndene sine fra mora og halvparten fra faren. Vi sammenligner først B med mor A. Fire av båndene til B ligger på samme høyde som bånd hos A. De tre andre båndene til B må da komme fra faren.

Alle disse tre båndene finnes igjen hos individ C, på nøyaktig samme høyde. Hos individ D mangler ett av dem: D har ikke noe bånd på høyde med det nest øverste båndet til B. Individ D kan derfor ikke ha gitt B dette båndet, og D kan ikke være faren. Individ C er den som kan være far til individ B.