De tre andre påstandene kan påvises direkte: klorofyll kan lokaliseres i kloroplastene, fotosyntesen kan måles til å skje der, og kloroplastenes eget DNA kan sekvenseres. At kloroplastene har oppstått ved endosymbiose, altså at en fritt levende, fotosyntetiserende bakterie ble tatt opp i en vertscelle og etter hvert ble en fast del av den, er en velbegrunnet forklaring på opphavet til kloroplastene, men ikke noe som er direkte observert. Det gjør påstanden til en teori, ikke et påvist faktum.