Flaskehalseffekten oppstår når en populasjon plutselig blir sterkt redusert, for eksempel av en katastrofe. De individene som overlever, er ofte tilfeldig utvalgt og representerer bare en liten og tilfeldig del av det opprinnelige genlageret. Flaskehalseffekten fører derfor til tilfeldige endringer i genlageret, og som regel til redusert genetisk variasjon – ikke økt variasjon, økt genflyt eller automatisk dannelse av nye arter.