Når vi kloner et gen, kutter vi både plasmidet og DNA-et som inneholder genet. Genet settes inn i det åpnede plasmidet med ligase. Plasmidet tas så opp av en bakteriecelle, som kopierer det når den deler seg. Markørgenet (for eksempel et gen for antibiotikaresistens) skal fortsatt sitte i plasmidet. Da kan vi finne cellene som har tatt opp plasmidet. I figur B settes genet (blått) inn i plasmidet, og markørgenet (oransje) blir med inn i cellen.

I figur A og C blir markørgenet klippet ut av plasmidet og satt sammen med genet til et lineært DNA-stykke. I figur C og D er dessuten navnene byttet om: «Gen som skal klones» peker på markørgenet i plasmidet.