I den lysavhengige reaksjonen blir vannmolekyler spaltet (fotolyse) for å erstatte elektronene som fotosystem 2 har mistet til elektrontransportkjeden. Vannets funksjon er dermed å avgi elektroner. Spaltingen av vann gir samtidig ${\mathrm{H}}^{+}$ og ${\mathrm{O}}_2$ som biprodukter, men det er elektronene som trengs for å holde elektrontransporten i gang. Vann tar ikke opp lysenergi selv (det gjør klorofyllet), og vann binder seg ikke til $\mathrm{C}{\mathrm{O}}_2$ – det skjer i den lysuavhengige reaksjonen.