ATP dannes i den lysavhengige delen av fotosyntesen når protoner strømmer gjennom ATP-syntase. Protongradienten som driver dette, bygges opp i elektrontransportkjeden mellom fotosystem II og fotosystem I. Det er fotosystem II som sender elektronene inn i denne kjeden, og fotosystem II har derfor mest direkte med ATP-produksjonen å gjøre.

Fotosystem I (A) tar imot elektronene etterpå og brukes til å redusere $\mathrm{N}\mathrm{A}\mathrm{D}{\mathrm{P}}^{+}$ til $\mathrm{NADPH}$, ikke til å danne ATP. Spaltingen av vannmolekyler (D) skjer ved fotosystem II og etterfyller elektroner, og produksjonen av oksygen (C) er et biprodukt av denne spaltingen. Begge henger sammen med fotosystem II, men det er selve fotosystemet som driver elektronene videre inn i kjeden der ATP dannes.