I begge fotosystemene blir klorofyll eksitert av lysenergi, og elektronene som sendes ut, går videre gjennom en elektrontransportkjede. Fra fotosystem 2 går elektronene via en elektrontransportkjede til fotosystem 1, og fra fotosystem 1 går elektronene via en kort elektrontransportkjede videre til NADP+-reduktase. Dette er dermed felles for begge. Vann blir bare spaltet i fotosystem 2 (ikke dannet), NADPH dannes først etter fotosystem 1, og transport av ${\mathrm{H}}^{+}$ over membranen skjer i hovedsak i kjeden mellom de to fotosystemene, ikke i fotosystem 1 alene.